กรมเจ้าท่า มีภารกิจเกี่ยวกับการกํากับดูแล การส่งเสริม การพัฒนาระบบการขนส่งทางน้ำและการพาณิชยนาวี ให้มีการเชื่อมต่อกับระบบการขนส่งอื่น ๆ ทั้งการขนส่งผู้โดยสารและสินค้า ท่าเรือ อู่เรือ กองเรือไทยและกิจการเกี่ยวเนื่อง เพื่อให้ประชาชนได้รับความ

สะดวกรวดเร็ว ทั่วถึง และปลอดภัย ตลอดจนการสนับสนุนภาคการส่งออกให้มีความเข้มแข็ง โดยให้มีอํานาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

                      (๑) ดําเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย กฎหมายว่าด้วยเรือไทยกฎหมายว่าด้วยการป้องกันเรือ

โดนกัน กฎหมายว่าด้วยการส่ง เสริมการพาณิชยนาวี กฎหมายว่าด้วยการขนส่งต่อเนื่องหลายรูปแบบ และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง

                      (๒) ศึกษา วิเคราะห์และพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานการขนส่งทางน้ำ

                      (๓) ส่งเสริมและพัฒนาเครือข่ายระบบการขนส่งทางน้ำและการพาณิชยนาวี

                      (๔) ดําเนินการจัดระเบียบการขนส่งทางน้ำและกิจการพาณิชยนาวี

                      (๕) ร่วมมือและประสานงานกับองค์การและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศและต่างประเทศในด้านการขนส่งทาง

น้ำการพาณิชยนาวี และในส่วนที่เกี่ยวกับอนุสัญญาและความตกลงระหว่างประเทศ

                      (๖) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกําหนดให้เป็นอํานาจหน้าที่ของกรมหรือตามที่รัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย

ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคม พ.ศ.๒๕๕๘ ให้แบ่งส่วนราชการกรมเจ้าท่า ดังต่อไปนี้ 

                      ๑.   สำนักงานเลขานุการกรม

                      ๒.   กองกำกับการพาณิชยนาวี

                      ๓.   กองคลัง

                      ๔.   กองมาตรฐานคนประจำเรือ

                      ๕.   กองวิศวกรรม

                      ๖.   กองส่งเสริมการพาณิชยนาวี

                      ๗.   กองสำรวจและแผนที่

                      ๘.   ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี

                      ๙.   สำนักกฎหมาย

                      ๑๐.  สำนักความปลอดภัยและสิ่งแวดล้อมทางน้ำ

                      ๑๑.  สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๑

                      ๑๒.  สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๒

                      ๑๓.  สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๓

                      ๑๔.  สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔

                      ๑๕.  สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๕

                      ๑๖.  สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๖

                      ๑๗.  สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๗

                      ๑๘.  สำนักนำร่อง

                      ๑๙.  สำนักแผนงาน

                      ๒๐.  สำนักพัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำ

                      ๒๑.  สำนักมาตรฐานทะเบียนเรือ

                      ๒๒.  สำนักมาตรฐานเรือ

                      ๒๓.  กลุ่มตรวจสอบภายใน

                      ๒๔.  กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร