กรมเจ้าท่า มีภารกิจเกี่ยวกับการกํากับดูแล การส่งเสริม การพัฒนาระบบการขนส่งทางน้ำและการพาณิชยนาวี ให้มีการเชื่อม
ต่อกับระบบการขนส่งอื่น ๆ ทั้งการขนส่งผู้โดยสารและสินค้า ท่าเรือ อู่เรือ กองเรือไทยและกิจการเกี่ยวเนื่อง เพื่อให้ประชาชนได้รับความ
สะดวกรวดเร็ว ทั่วถึง และปลอดภัย ตลอดจนการสนับสนุนภาคการส่งออกให้มีความเข้มแข็ง โดยให้มีอํานาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(๑) ดําเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย กฎหมายว่าด้วยเรือไทยกฎหมายว่าด้วยการป้องกันเรือ
โดนกัน กฎหมายว่าด้วยการส่ง เสริมการพาณิชยนาวี กฎหมายว่าด้วยการขนส่งต่อเนื่องหลายรูปแบบ และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
(๒) ศึกษา วิเคราะห์และพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานการขนส่งทางน้ำ
(๓) ส่งเสริมและพัฒนาเครือข่ายระบบการขนส่งทางน้ำและการพาณิชยนาวี
(๔) ดําเนินการจัดระเบียบการขนส่งทางน้ำและกิจการพาณิชยนาวี
(๕) ร่วมมือและประสานงานกับองค์การและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศและต่างประเทศในด้านการขนส่งทาง
น้ำการพาณิชยนาวี และในส่วนที่เกี่ยวกับอนุสัญญาและความตกลงระหว่างประเทศ
(๖) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกําหนดให้เป็นอํานาจหน้าที่ของกรมหรือตามที่รัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย
ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคม พ.ศ.๒๕๕๘ ให้แบ่งส่วนราชการกรมเจ้าท่า ดังต่อไปนี้
๑. สำนักงานเลขานุการกรม
๒. กองกำกับการพาณิชยนาวี
๓. กองคลัง
๔. กองมาตรฐานคนประจำเรือ
๕. กองวิศวกรรม
๖. กองส่งเสริมการพาณิชยนาวี
๗. กองสำรวจและแผนที่
๘. ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี
๙. สำนักกฎหมาย
๑๐. สำนักความปลอดภัยและสิ่งแวดล้อมทางน้ำ
๑๑. สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๑
๑๒. สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๒
๑๓. สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๓
๑๔. สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๔
๑๕. สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๕
๑๖. สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๖
๑๗. สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ ๗
๑๘. สำนักนำร่อง
๑๙. สำนักแผนงาน
๒๐. สำนักพัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำ
๒๑. สำนักมาตรฐานทะเบียนเรือ
๒๒. สำนักมาตรฐานเรือ
๒๓. กลุ่มตรวจสอบภายใน
๒๔. กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร