- สำนักงานเลขานุการกรม
- กองกิจการระหว่างประเทศ
- กองคลัง
- ฝ่ายการเจ้าหน้าที่
- สำนักมาตรฐานทะเบียนเรือ
- กองมาตรฐานคนประจำเรือ
- สำนักนำร่อง
- สถานีนำร่อง (สมุทรปราการ)
- สถานีนำร่อง (ศรีราชา)
- สถานีนำร่อง (มาบตาพุด)
- สถานีนำร่อง (ภูเก็ต)
- สถานีนำร่อง (สงขลา)
- สำนักแผนงาน
- ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี
- สำนักกฎหมาย
- กลุ่มตรวจสอบภายใน
- กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
- สำนักความปลอดภัยและสิ่งแวดล้อมทางน้ำ
- ศูนย์สื่อสาร สำนักความปลอดภัยและสิ่งแวดล้อมทางน้ำ
- ศูนย์ควบคุมจราจรและความปลอดภัยทางทะเล
- กลุ่มสิ่งแวดล้อม
- ส่วนตรวจการเดินเรือ
- สำนักพัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำ
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 1 (อยุธยา)
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 2 (นครสวรรค์)
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 3 (ตรัง)
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 4 (สงขลา)
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 5 (จันทบุรี)
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 6 (สุราษฎร์ธานี)
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 7 (เชียงใหม่)
- ศูนย์พัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำที่ 8 (ขอนแก่น)
- สำนักมาตรฐานเรือ
- สำนักส่งเสริมการขนส่งทางน้ำและการพาณิชยนาวี
- สำนักวิศวกรรม
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาเชียงใหม่
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขานครสวรรค์
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาเชียงราย
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาพิษณุโลก
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาแพร่
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ 2
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาอยุธยา
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาสุพรรณบุรี
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาลพบุรี
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขานนทบุรี
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ 3
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาสมุทรสงคราม
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาประจวบคีรีขันธ์
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขากาญจนบุรี
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาสมุทรสาคร
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาเพชรบุรี
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขานครปฐม
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ 4
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาสงขลา
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาปัตตานี
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาสุราษฎร์ธานี
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาเกาะพงัน
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาเกาะสมุย
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาชุมพร
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขานครศรีธรรมราช
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขานราธิวาส
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคที่ 5
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาภูเก็ต
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาตรัง
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขากระบี่
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาระนอง
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาพังงา
- สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สาขาสตูล